DETEKSI MOLEKULER DAN ANALISIS GENETIK VIRUS PENTING PADA TANAMAN CABAI DI DESA PEMATANG DONOK

Sentra pertanaman cabai di Provinsi Bengkulu yang bertempat di Desa Pematang
Donok, Kepahiang banyak ditemukan gejala tanaman cabai yang terinfeksi virus, namun
belum ada laporan mengenai insidensi penyakit dan jenis virus yang menginfeksi pada
pertanaman cabai tersebut. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive
sampling berdasarkan gejala tanaman cabai yang terinfeksi virus. Deteksi virus
menggunakan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)
menggunakan primer spesifik Chilli veinal mottle virus (ChiVMV F/R) dan PCR dengan
menggunakan general primer Begomovirus (SPG 1/2). Produk PCR Begomovirus dikirim
ke First Base, Malaysia untuk dilakukan sikuensing DNA. Data sikuensing dianalisis
menggunakan perangkat lunak (Software) MEGA 6 (Molecular Evolutionary Genetics
Analysis) untuk konstruksi pohon filogenik. Hasil pengamatan di lapangan ditemukan 10
variasi gejala diantaranya belang, ukuran daun mengecil, pinggir daun melengkung ke atas,
belang daun melengkung ke atas tanaman kerdil, belang pucuk daun mengecil, belang pada
pucuk, belang pucuk daun keriting, belang permukaan daun tidak rata, belang ukuran daun
mengecil, dan belang tanaman kerdil, dengan insidensi penyakit berkisar antara 96.4%-
100% dan ditemukan serangga vektor yaitu kutu daun (Aphis gossypii) dan kutu kebul
(Bemisia tabaci). RT-PCR dengan primer spesifik untuk ChiVMV tidak mendapatkan pita
DNA target dan PCR menggunakan general primer Begomovirus mendapatkan pita DNA
berukuran 912 pb sesuai target primer. Berdasarkan hasil Blastn terhadap runutan sikuen
nukleotida dari 3 sampel Begomovirus asal Desa Pematang Donok memiliki kemiripan
nukleotida dengan isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) asal Bali dan
Jawa yang terdapat di database GenBank, dengan nilai kemiripan nukleotida sebesar
91.77%-98.99%.
Kata kunci : Begomovirus, Blast, Cabai, ChiVMV, Gejala