KARAKTERISTIK SEKUEN EXON 1 GEN FecG (GDF9) PADA DOMBA MEGA

Selintaria, Pardede and Edi, Soetrisno and Widya, Pintaka Bayu Putra (2022) KARAKTERISTIK SEKUEN EXON 1 GEN FecG (GDF9) PADA DOMBA MEGA. Undergraduated thesis, Universitas Bengkulu.

Archive (Thesis) Skripsi Selintaria Pardede (E1C018006).pdf - Bibliography Restricted to Repository staff only Available under License Creative Commons GNU GPL (Software). Download (2MB)

Abstract

Salah satu peternakan di Indonesia yang saat ini berkembang adalah peternakan domba. Domba memiliki keunggulan yakni mempunyai sifat prolifik. Sifat prolifik adalah kemampuan untuk memiliki lebih dari satu keturunan dalam satu kelahiran yang salah satu gen pembawanya adalah gen FecG (GDF9) (Davis, 2004). Namun produksi daging domba di Indonesia dalam dua tahun terakhir (2020 dan 2021) mengalami penurunan sebanyak 22,6% (15.884,45 ton), yakni tahun 2020 produksi daging domba sebanyak 54.188,48 ton, dan penurunan 20,27% (14.209,77 ton) tahun 2021 produksi daging domba sebanyak 55.863,16 ton jika dibandingkan pada tahun 2019 produksi daging domba yang mencapai 70.072,93 ton serta neraca perdagangan daging kambing dan domba di Indonesia yang juga mengalami defisit, dengan tren peningkatan sebesar 18,77% per tahun (BPS, 2021). Untuk mengatasi permasalah ini maka perlu dilakukan upaya peningkatan mutu genetik ternak melalui persilangan dengan memperhatikan sifat-sifat unggul dari tetua yang diharapkan akan diturunkan kepada keturunan selanjutnya (Suryati et al., 2008). Pada penelitian ini domba yang digunakan adalah domba persilangan antara domba Merino dengan domba Garut dengan komposisi 75% domba Merino dan 25% domba Garut atau yang disebut domba MEGA (Merino × Garut). Domba merino memiliki sifat yang unggul yaitu bobot badannya mampu mencapai 150-200 kg pada usia dewasa dan juga merupakan penghasil wol yang baik (Rahman et al., 2013 dan Adnyana, 2018). Sedangkan domba Garut merupakan domba lokal Indonesia yang juga sudah diakui oleh Kementerian Pertanian pada tahun 2011 sebagai plasma nutfah Indonesia yang memiliki kemampuan cepat beradaptasi terhadap lingkungan serta mampu bereproduksi sepanjang tahun (Umizakiah et al., 2014). Berdasarkan uraian diatas peneliti tertarik untuk melakukan penelitian ini untuk melakukan analisis ekson 1 gen FecG (GDF9) pada domba MEGA. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April-Agustus 2021 di Laboratorium Genetika Molekuler Hewan, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ada tidaknya situs mutasi pada exon 1 gen FecG domba MEGA serta menyusun pohon filogenetik pada exon 1 gen FecG domba MEGA. Penelitian ini menggunakan 30 sampel DNA domba MEGA betina yang diambil dari darah daerah vena jugularis individu dombayang berbeda dan selanjutnya dilakukan sekuensing DNA lalu untuk menguji keragaman genetiknya dilakukan dengan menggunakan aplikasi BioEdit, analisis haplotype menggunakan aplikasi DNAsp dan NETWORK 10.2.0.0 dan analisis filogenetik dengan menggunakan aplikasi MEGA X. Hasil analisis data sekuensing domba MEGA tidak ditemukan adanya mutasi namun terdapat delesi pada posisi g.2226_2231indel.TACT dan g.2344_2346indel.G dan terbentuk 7 haplotype yakni haplotype 1 terdiri atas bangsa domba Amerika, Chinese, Sudanese Dubasi, Sudanese Shugor, Sudanese Watish, Mexican Pelibuy, Norwegian White, Brazilian, Iraqi, Iranian Mehraban dan MEGA. Haplotype 2 yakni Egyptian Rahmani, haplotype 3 yakni Egyptian Barki, haplotype 4 yakni Egyptian Awassi, haplotype 5 yakni Egyptian Rahmani x Barki, haplotype 6 Egyptian Suffolk x Awassi dan haplotype 7 yakni Egyptian Ossimi. Berdasarkan analisis sekuens media- joining network menggunakan program NETWORK diperoleh dua tipe haplogroup yaitu haplogroup A dan B. Haplogroup A terdiri dari kelompok domba haplotype 1 sedangkan haplogroup B terdiri dari kelompok domba haplotype 2-7. Hasil analisis jarak genetik yang dilakukan menunjukkan bahwa domba MEGA memiliki jarak genetik terjauh yaitu dengan bangsa domba persilangan Egyptian Rahmani x Barki (0,067), diikuti dengan domba Egyptian Barki (0,064), domba Egyptian Rahmani (0,062), domba Egyptian Ossimi (0,056), domba Egyptian Awassi (0,053), domba Egyptian Suffolk x Awassi (0,50), dan Iran (0,03). Sedangkan untuk jarak genetik terdekat domba MEGA yaitu dengan domba Amerika, Chinese, Sudanese Dubasi, Sudanese Shugor, Sudanese Watish, Mexican Pelibuy, Norwegian White Sheep, Iraqi dan Mehraban Iran dengan nilai jarak genetik 0,000 dan berdasarkan analisis filogenetik domba MEGA berada di kluster yang sama dengan domba dari Iraqi, Iranian Mehraban, Brazilian, Norwegia White Sheep, Mexican Pelibuey, Chinese, America, dan Sudanese Watish, Sudanese Shugor dan Sudanese Dubasi. Hasil dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa tidak terjadi mutasi pada ekson 1 gen FecG (GDF9) pada domba MEGA serta tidak dapat dijadikan sebagai marka molekuler untuk memperoleh domba yang bersifat prolifik dan sekuen ekson 1 gen FecG (GDF9) domba MEGA memiliki kesamaan dengan beberapa bangsa domba dari Iraqi, Iranian Mehraban, Brazilian, Norwegia White Sheep, Mexican Pelibuey, Chinese, America, dan Sudanese Watish, Sudanese Shugor dan Sudanese Dubasi

Actions (login required)

View Item