KARAKTERISTIK SEKUEN EXON 1 GEN FecG (GDF9) PADA DOMBA MEGA

Salah satu peternakan di Indonesia yang saat ini berkembang adalah peternakan
domba. Domba memiliki keunggulan yakni mempunyai sifat prolifik. Sifat prolifik adalah
kemampuan untuk memiliki lebih dari satu keturunan dalam satu kelahiran yang salah satu
gen pembawanya adalah gen FecG (GDF9) (Davis, 2004). Namun produksi daging domba
di Indonesia dalam dua tahun terakhir (2020 dan 2021) mengalami penurunan sebanyak
22,6% (15.884,45 ton), yakni tahun 2020 produksi daging domba sebanyak 54.188,48 ton,
dan penurunan 20,27% (14.209,77 ton) tahun 2021 produksi daging domba sebanyak
55.863,16 ton jika dibandingkan pada tahun 2019 produksi daging domba yang mencapai
70.072,93 ton serta neraca perdagangan daging kambing dan domba di Indonesia yang juga
mengalami defisit, dengan tren peningkatan sebesar 18,77% per tahun (BPS, 2021).
Untuk mengatasi permasalah ini maka perlu dilakukan upaya peningkatan mutu
genetik ternak melalui persilangan dengan memperhatikan sifat-sifat unggul dari tetua
yang diharapkan akan diturunkan kepada keturunan selanjutnya (Suryati et al., 2008). Pada
penelitian ini domba yang digunakan adalah domba persilangan antara domba Merino
dengan domba Garut dengan komposisi 75% domba Merino dan 25% domba Garut atau
yang disebut domba MEGA (Merino × Garut). Domba merino memiliki sifat yang unggul
yaitu bobot badannya mampu mencapai 150-200 kg pada usia dewasa dan juga merupakan
penghasil wol yang baik (Rahman et al., 2013 dan Adnyana, 2018). Sedangkan domba
Garut merupakan domba lokal Indonesia yang juga sudah diakui oleh Kementerian
Pertanian pada tahun 2011 sebagai plasma nutfah Indonesia yang memiliki kemampuan
cepat beradaptasi terhadap lingkungan serta mampu bereproduksi sepanjang tahun
(Umizakiah et al., 2014).
Berdasarkan uraian diatas peneliti tertarik untuk melakukan penelitian ini untuk
melakukan analisis ekson 1 gen FecG (GDF9) pada domba MEGA. Penelitian ini
dilaksanakan pada bulan April-Agustus 2021 di Laboratorium Genetika Molekuler Hewan,
Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ada
tidaknya situs mutasi pada exon 1 gen FecG domba MEGA serta menyusun pohon
filogenetik pada exon 1 gen FecG domba MEGA. Penelitian ini menggunakan 30 sampel
DNA domba MEGA betina yang diambil dari darah daerah vena jugularis individu
dombayang berbeda dan selanjutnya dilakukan sekuensing DNA lalu untuk menguji
keragaman genetiknya dilakukan dengan menggunakan aplikasi BioEdit, analisis
haplotype menggunakan aplikasi DNAsp dan NETWORK 10.2.0.0 dan analisis filogenetik
dengan menggunakan aplikasi MEGA X.
Hasil analisis data sekuensing domba MEGA tidak ditemukan adanya mutasi
namun terdapat delesi pada posisi g.2226_2231indel.TACT dan g.2344_2346indel.G dan
terbentuk 7 haplotype yakni haplotype 1 terdiri atas bangsa domba Amerika, Chinese,
Sudanese Dubasi, Sudanese Shugor, Sudanese Watish, Mexican Pelibuy, Norwegian
White, Brazilian, Iraqi, Iranian Mehraban dan MEGA. Haplotype 2 yakni Egyptian
Rahmani, haplotype 3 yakni Egyptian Barki, haplotype 4 yakni Egyptian Awassi,
haplotype 5 yakni Egyptian Rahmani x Barki, haplotype 6 Egyptian Suffolk x Awassi dan
haplotype 7 yakni Egyptian Ossimi. Berdasarkan analisis sekuens media- joining network
menggunakan program NETWORK diperoleh dua tipe haplogroup yaitu haplogroup A
dan B. Haplogroup A terdiri dari kelompok domba haplotype 1 sedangkan haplogroup B
terdiri dari kelompok domba haplotype 2-7. Hasil analisis jarak genetik yang dilakukan
menunjukkan bahwa domba MEGA memiliki jarak genetik terjauh yaitu dengan bangsa
domba persilangan Egyptian Rahmani x Barki (0,067), diikuti dengan domba Egyptian
Barki (0,064), domba Egyptian Rahmani (0,062), domba Egyptian Ossimi (0,056), domba
Egyptian Awassi (0,053), domba Egyptian Suffolk x Awassi (0,50), dan Iran (0,03).
Sedangkan untuk jarak genetik terdekat domba MEGA yaitu dengan domba Amerika,
Chinese, Sudanese Dubasi, Sudanese Shugor, Sudanese Watish, Mexican Pelibuy,
Norwegian White Sheep, Iraqi dan Mehraban Iran dengan nilai jarak genetik 0,000 dan
berdasarkan analisis filogenetik domba MEGA berada di kluster yang sama dengan domba
dari Iraqi, Iranian Mehraban, Brazilian, Norwegia White Sheep, Mexican Pelibuey,
Chinese, America, dan Sudanese Watish, Sudanese Shugor dan Sudanese Dubasi.
Hasil dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa tidak terjadi mutasi pada ekson 1
gen FecG (GDF9) pada domba MEGA serta tidak dapat dijadikan sebagai marka
molekuler untuk memperoleh domba yang bersifat prolifik dan sekuen ekson 1 gen FecG
(GDF9) domba MEGA memiliki kesamaan dengan beberapa bangsa domba dari Iraqi,
Iranian Mehraban, Brazilian, Norwegia White Sheep, Mexican Pelibuey, Chinese,
America, dan Sudanese Watish, Sudanese Shugor dan Sudanese Dubasi