POLIMORFISME NUKLEOTIDA BURUNG KUTILANG EMAS (Pycnonotus melanicterus) BERDASARKAN GEN SITOKROM B DNA MITOKONDRIA

Kutilang Emas (Pycnonotus melanicterus) merupakan jenis burung
pengicau yang termasuk ke dalam ordo Passeriformes, family Pycnonotidae.
Burung ini mengalami penurunan populasi di habitat karena diburu masyarakat
untuk diperjual-belikan dan kerusakan habitat. Penelitian ini dilakukan untuk
menganalisis polimorfisme nukleotida Kutilang Emas berdasarkan gen Sitokrom b
DNA Mitokondria karena informasi genetik pada spesies ini di GenBank sangat
terbatas. Sampel dikoleksi dari depot burung di pasar Minggu dan pasar Panorama
Kota Bengkulu. Darah diisolasi dengan menggunakan protokol modifikasi
Dneasy® Blood and Tissue Kit cat no 69504 (50) berdasarkan prosedur Spin�Column Protocol Qiagen. DNA diamplifikasi menggunakan PCR (Polimerase
Chain Reaction) dengan kit Go-Taq® Green Master Mix. Kemudian
elektroforesis dengan menggunakan gel agarose 1,2% dan divisualisasikan di
bawah sinar UV menggunakan Gel Document System Axygen. Hasil amplifikasi
dengan visualisasi pita yang baik selanjutnya dikirim ke perusahaan PT. Genetika
Science Indonesia untuk sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan
perangkat lunak MEGA X. Panjang sekuen yang dianalisis sebanyak 648 pb
dengan situs konservatif (C) yang didapatkan yakni sebesar 588 pb (90,74%),
situs Variable (V) sebesar 60 pb (9,25%), situs Parsimony (Pi) sebesar 10 pb
(1,54%) dan situs Singleton (S) sebesar 50 pb (7,71%). Komposisi nukleotida
tertinggi yang didapatkan yakni pada Sitosin dengan persentase 31,9%-33,1% dan
terendah pada Guanin dengan persentase 14,8%-15,8%. Nilai Adenin-Timin lebih
tinggi dibanding Guanin-Sitosin yakni sebesar 52% dan Guanin-Sitosin sebesar
47,7%. Situs spesifik dari P. melanicterus asal Bengkulu berjumlah 8 situs.
Kata Kunci : DNA Mitokondria, Nukleotida, Polimorfisme, Pycnonotidae,
Sitokrom b