OPTIMALISASI PERBANDINGAN DUA PETA KONTAK PROTEIN DENGAN MENGGUNAKAN INTEGER PROGRAMMING

Perbandingan struktur protein adalah topik yang penting dalam genomik
struktural, yang dapat diterapkan pada desain obat, prediksi lipatan,
pengelompokan protein, dan studi evolusi. Meskipun penting, hanya ada sedikit
metode eksak dan ukuran kesamaan yang diterima secara luas untuk mengatasi
masalah ini. Salah satu metode alternatif untuk memprediksi struktur protein
adalah peta kontak protein digunakan sebagai visualisai untuk perbandingan
struktur protein. Peta kontak protein adalah daftar pasangan residu yang
berdekatan secara tiga dimensi dalam struktur asli protein. Namun, optimasi
komputasi dari pengukuran kesamaan anatara dua peta kontak protein merupakan
tantangan yang signifikan. Dalam penelitian ini, mengusulkan pendekatan
menggunakan integer programming untuk mengoptimalkan perbandingan dua
peta kontak protein. Metode ini mempunyai keuntungan dalam memberikan
optimalitas sesuai dengan batasan dan fungsi tujuan yang ditentukan. Pada
penelitian ini juga dibantu menggunakan aplikasi yaitu bahasa pemrograman
Python. Hasil penelitian menunjukkan solusi optimal dimana terdapat 2 peta
kontak protein , diketahui [[ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]
[ ] [ ]] terdiri dari 9 node dan [[ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]
[ ] [ ] [ ] [ ]] terdiri dari 11 node. Didapatkan nilai obyektif yaitu
5, dengan pasangan optimal yaitu .
Kata Kunci: Integer Programming, Perbandingan Struktur Protein, Peta
Kontak Protein, Python