EVOLUSI BURUNG KAREO PADI (Amaurornis phoenicurus) ASAL KOTA BENGKULU BERDASARKAN FRAGMEN GEN DISPLACEMENT LOOP (D-Loop) DNA MITOKONDRIA

Burung kareo padi (Amaurornis phoenicurus) termasuk kedalam famili Rallidae.
Spesies ini masih memiliki informasi genetik yang terbatas, untuk itu penelitian ini
dilakukan guna melengkapi informasi genetik, khususnya fragmen D-loop DNA
mitokondria. Penelitian ini dilakukan pada bulan Desember 2021 – Februari 2022
dengan tujuan untuk melihat evolusi A. phoenicurus menggunakan gen D-loop.
DNA total diisolasi dengan menggunakan Dneasy® Blood and Tissue Kit cat no
69504 (50) berdasarkan prosedur Spin-Column Protocol Qiagen. Gen D-loop
diamplifikasi menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) kemudian
dielektroforesis dengan gel agarosa 1,2% dan divisualisasi menggunakan Gel
Document System Axygen, kemudian sekuensing dilakukan oleh PT. Genetika
Science Indonesia dan dianalisis menggunakan perangkat lunak MEGA 10.
Berdasarkan hasil penelitian didapatkan panjang gen D-loop 469 pb Jarak genetik
intrapopulasi dari delapan individu burung A. phoenicurus adalah 0,006 (0,06%),
interpopulasi 0,027 (2,7%), dan intrafamily Rallidae 0,426 (42,6%). Nilai mutasi
atau R (si/sv) pada basa pertama yaitu 1,7, basa kedua 0,8 dan basa ketiga 1,3.
Pohon filogeni menunjukkan adanya hubungan kekerabatan yang dekat antara 8
sampel individu A. phoenicurus yang membentuk subgrup 3 dan A. phoenicurus
NC 024593 dan A. phoenicurus KJ 87440 membentuk subgrup. Hal ini
menunjukkan adanya bukti evolusi secara molekuler yaitu adanya perbedaan urutan
basa nukleotida pada gen D-loop sehingga mempengaruhi hubungan kekerabatan
A. phoenicurus yang dapat terjadi karena faktor internal maupun eksternal.
Kata kunci : Kota Bengkulu, Mutasi genetik, Perdagangan, Variabel